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1、所办公室:下设办公室、会计室、《体育与科学》杂志编辑部、资料室。承担所办公室日常事务,科技管理、人事管理、档案管理、车辆管理;财会管理;杂志编辑与发行;图书资料管理。

2、竞技体育科研与服务一中心与竞技体育科研与服务二中心:均是承担竞技体育科研与服务工作。研究人员以运动医学和运动生理生化学科为主。

3运动技能与体能训练研究服务中心下设生物力学实验室、体能康复实验室。承担运动生物力学研究及测试服务 ;开展体能训练、康复训练的研究及服务。

4、群众体育研究与推广中心:承担江苏省国民体质监测以及群众体育科研及健身推广工作。承担部分运动项目竞技体育科研攻关与服务工作。

5体质评价与运动干预研究中心承担江苏省国民体质监测以及体质评价与运动干预科学研究及相关工作。承担部分运动项目竞技体育科研攻关与服务工作。

6、实验与技术服务中心:下设运动生化实验室、运动生理实验室、低氧实验室、能量代谢实验室、营养制剂实验室、动物实验室等综合性实验室。承担对内对外的生理生化测试服务,低氧实验室及代谢实验室等相关生理生化学科的综合性实验室的管理和运行。